本实验室以病原微生物生物安全为研究方向，以国家生物安全相关的病原微生物为研究对象，重点开展病原微生物的发现、预警、检测和防御相关的理论和技术研究。重点开展以下四个方面的研究工作：

①病原微生物侦察、预警
    针对生物危害防护基本环节，建立生物安全相关基础信息数据库与分析技术平台；研究重要病原微生物实时监测、侦察报警技术和装备；研究重要传染病的早期预警方法。

②病原微生物的快速检验、鉴定
    研究建立高通量病原微生物筛查、现场快速检测、未知病原系统鉴定的新方法及相关支撑技术。

③新传染病的发现与追踪
    对国内原因不明的各种新发传染病，开展病原确定、感染溯源、流行规律和防控措施等应用基础研究；对国外已经发生我国尚未发现的新传染病，从病原学、流行病学、媒介生物学等不同方面进行追踪研究。

④重要病原微生物致病机理与防治基础
    针对重要病原微生物开展毒力相关基因及其调控、代谢途径和病原-机体相互作用的机制研究；开展疫苗和防治药物的应用基础研究。